Araştırmacının Alet Kutusu: Mendeley

Araştırmacının Alet Kutusu: Mendeley

İnet-Tr'12, XVII. Türkiye'de İnternet Konferansı bu yıl 7-9 Kasım 2012 tarihlerinde Anadolu Üniversitesi, Eskişehir'de düzenlendi. Konferansta "Araştırmacının Alet Kutusu: Mendeley" isimli bir eğitim semineri gerçekleştirdim.

Seminerin Tanımı
Akademik çalışma yaparken literatür taraması temel bir işlemdir. Her akademisyenin kendi alanına ait önemli makaleleri ve bildirileri biriktirdiği bir klasör bulunur. Geçmişte bu klasör genellikle yayınların dergilerden çekilmiş fotokopilerini içeren fiziksel klasörler oluşmaktayken, günümüzde daha çok  bilgisayarımızda sakladığımız dijital belgelerden oluşmaktadır.

Günümüzde akademik araştırma yapmak neredeyse bütünüyle bilgisayar ortamında gerçekleşen bir etkinlik haline gelmiştir. Akademik çalışmanın laboratuvar, saha, gözlem, sanat vb. çalışmaları dışında kalan bütün aşamaları (sempozyum ya da bilimsel dergiyle iletişim kurup süreci başlatma, literatür tarama, alıntı yapma, referans verme, not alma, beyin fırtınası gerçekleştirme, istatistiksel işlemleri yapma, tablo ve şekil oluşturma, makale ya da bildiriyi bir sözcük işlemci programıyla düzenleme, diğer araştırmacılarla tartışma, bildiri sunusu hazırlama ve makale/bildiriyi dergi/sempozyuma gönderme vb. aşamalar) akademisyen tarafından kendi bilgisayarında gerçekleştirilmektedir.


Başlangıç aşamasında sınırlı sayıda belgeyle çalışmak sorun olmazken, zamanla binlerce Word, PowerPoint ve Pdf dosyasını yönetmek sorun olmaya başlar. Bu aşamada başvuru yönetim yazılımları araştırmacının hayatını kurtarır.

Başvuru yönetim yazılımları (alıntı yönetimi yazılımı ya da kişisel bibliyografya yönetimi yazılımı olarak da adlandırılırlar) akademisyen ve araştırmacıların başvuru kaynaklarını yönetmelerini sağlamak amacıyla geliştirilmiş yazılımlardır. Başlangıçta yayınlara ait alıntıların ve dijital kopyaların saklandığı ve saklanan bu kayıtlar üzerinde arama yapılabilen bir masaüstü veritabanı uygulaması olarak tasarlanmış olan bu yazılımlar, günümüzde bilimsel yayın veritabanlarında belge arama, belge paylaşma, sosyal ağ oluşturma, grup çalışmaları gerçekleştirme, belgeleri bulut ortamında saklama ve birden çok bilgisayarda senkronize etme gibi gelişmiş  Web 2.0 özellikleri barındırmaktadırlar.


Günümüzde çok sayıda başvuru yönetim yazılımı bulunmaktadır. Örneğin Wikipedia'da 30 farklı başvuru yönetim yazılımı karşılaştırılmıştır (1). Biz bu eğitim seminerinde en popüler başvuru yönetim yazılımlarından birisi olan Mendeley yazılımını ele alacağız.

Seminer uygulamalı olarak gerçekleştirilecektir. Seminer esnasında Mendeley yazılımı indirilecek (2), Yayın Kitaplığı Oluşturulacak, Belge ve Başvuruların Yönetimi, Alıntı Yapma, Birlikte Çalışma ve Belge Arama işlemleri örneklenecektir.

Siteler
(1) http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software
(2) http://www.mendeley.com/

Toolbox of Researcher: Mendeley

Araştırmacının Alet Kutusu: Mendeley

Akademik çalışma yaparken literatür taraması temel bir işlemdir. Her akademisyenin kendi alanına ait önemli makaleleri ve bildirileri biriktirdiği bir klasör bulunur. Geçmişte bu klasör genellikle yayınların dergilerden çekilmiş fotokopilerini içeren fiziksel klasörler oluşmaktayken, günümüzde daha çok  bilgisayarımızda sakladığımız dijital belgelerden oluşmaktadır.

Günümüzde akademik araştırma yapmak neredeyse bütünüyle bilgisayar ortamında gerçekleşen bir etkinlik haline gelmiştir. Akademik çalışmanın laboratuvar, saha, gözlem, sanat vb. çalışmaları dışında kalan bütün aşamaları (sempozyum ya da bilimsel dergiyle iletişim kurup süreci başlatma, literatür tarama, alıntı yapma, referans verme, not alma, beyin fırtınası gerçekleştirme, istatistiksel işlemleri yapma, tablo ve şekil oluşturma, makale ya da bildiriyi bir sözcük işlemci programıyla düzenleme, diğer araştırmacılarla tartışma, bildiri sunusu hazırlama ve makale/bildiriyi dergi/sempozyuma gönderme vb. aşamalar) akademisyen tarafından kendi bilgisayarında gerçekleştirilmektedir.

Başlangıç aşamasında sınırlı sayıda belgeyle çalışmak sorun olmazken, zamanla binlerce Word, PowerPoint ve Pdf dosyasını yönetmek sorun olmaya başlar. Bu aşamada başvuru yönetim yazılımları araştırmacının hayatını kurtarır.

Başvuru yönetim yazılımları (alıntı yönetimi yazılımı ya da kişisel bibliyografya yönetimi yazılımı olarak da adlandırılırlar) akademisyen ve araştırmacıların başvuru kaynaklarını yönetmelerini sağlamak amacıyla geliştirilmiş yazılımlardır. Başlangıçta yayınlara ait alıntıların ve dijital kopyaların saklandığı ve saklanan bu kayıtlar üzerinde arama yapılabilen bir masaüstü veritabanı uygulaması olarak tasarlanmış olan bu yazılımlar, günümüzde bilimsel yayın veritabanlarında belge arama, belge paylaşma, sosyal ağ oluşturma, grup çalışmaları gerçekleştirme, belgeleri bulut ortamında saklama ve birden çok bilgisayarda senkronize etme gibi gelişmiş  Web 2.0 özellikleri barındırmaktadırlar.

Günümüzde çok sayıda başvuru yönetim yazılımı bulunmaktadır. Örneğin Wikipedia'da 30 farklı başvuru yönetim yazılımı karşılaştırılmıştır (1). Biz bu yayında en popüler başvuru yönetim yazılımlarından birisi olan Mendeley yazılımını inceleyeceğiz.

Mendeley yazılımı bir Masaüstü bileşeni ve bir Web sitesi hizmetini içermektedir. Mendeley sitesine (2) giderek kayıt yaptırıp, Mendeley masaüstü uygulamasını bilgisayarınıza indirebilirsiniz.

Yayın Kitaplığı Oluşturma
Mendeley masaüstü uygulaması bilgisayarınıza kurulduğunda hemen akademik yayın dosyalarınıza ait kitaplık oluşturabilirsiniz. Bu amaçla bilgisayarınızda bulunan makalelere ait PDF dosyalarını (ya da diğer formatlardaki belgeleri) sürükle bırak ile Mendeley yazılımına taşımanız yeterli olacaktır. Mendeley kendisine yüklenen belgelerin içeriğini tarayarak, makalenin adı, yazar adları, makalenin yayınlandığı derginin adı, yayın yılı, cilt ve sayısı, yayınevi, özeti, anahtar sözcükleri vb. bilgilerini çıkartacaktır.

Eğer Mendeley'e yüklenen belgeden Mendeley yayının adından başka bilgi çıkartamıyorsa, "Search by Title on Google Scholar" düğmesine tıklayarak, Mendeley'in bu makaleye ait künyeyi internette arayarak bulmasını sağlayabilirsiniz.

Mendeleye sadece dergi makaleleri değil, kitap, kitap bölümü, tez, web sayfası, bilgisayar programı, televizyon yayını vb. 20 farklı yayın türüne ait içerik girilebilmektedir. Mendeley her yayın türü için çok sayıda alanda (örneğin dergi (Journal) yayınları için 66 farklı alan)  veri tutabilmektedir.

Bilgisayarınızdaki yüzlerce PDF'yi bir kerede Mendeley'e sürükleyerek bu işlemlerin bir kaç dakika içerisinde gerçekleşmesini sağlayabilirsiniz. Mendeley kendisine yüklenen yayınları hemen yazar adına, dergi adına, yazarın belirlediği anahtar sözcüklere ya da sizin girdiğiniz etiketlere göre indeksleyecektir.

Mendeleye yüklediğiniz belgeleri Mendeley Web sitesiyle senkronize edebilirsiniz. Böylece başka bir bilgisayara Mendeley masaüstü uygulaması kurduğunuzda, yüklü belgelerinizi o bilgisayara da indirerek eşleştirmeniz mümkün olacaktır.

Belge ve Başvuruların Yönetimi
Mendeley'de yüklenen yayınları iç içe açabileceğiniz klasörlere yerleştirerek yayınlarınızı araştırma alanlarınıza göre düzenleyebilirsiniz. Bilgisayarınızdaki klasörleri Watch Folder olarak tanımlayarak, bu klasörlere kopyalanan belgelerin Mendeley'e otomatik olarak yüklenmesini sağlayabilirsiniz.

Belgelerde yazar adı, yayın adı, anahtar sözcük ve etiketlerde farklı yazımları ortadan kaldırmak için sürükle bırak yöntemiyle birleştirme işlemi yapabilirsiniz.

Mendeleye yüklemiş olduğunuz belgeler üzerinde filtre kullanarak seçili yazarların ya da seçili dergilerin, yayınlarını listeleyebilirsiniz. Aynı şekilde, seçili anahtar sözcükler ya da seçili etiketleri barındıran yayınları da listelemek son derece kolaydır. 

Mendeleyin diğer güçlü aracı ise Arama aracıdır. Tüm yayınlar üzerinde sözcük ya da tümce bazlı arama yapabilirsiniz. Böylece bir sözcüğün makale adı başta olmak üzere, en çok geçtiği yayınlara erişebilirsiniz. Bu araç literatür taramasını çok kolaylaştırmaktadır. Mendeley içerisinde açarak incelediğiniz belgeler üzerinde not alabilir, belge üzerinde yazıların üstünü çizebilirsiniz. 

Alıntı Yapmak
Bir ya da daha çok belge seçiliyken sağ tuş menüsünde Copy Citation seçeneği ile belgelere ait alıntı bilgisini kopyalayabilir ve daha sonra Word belgesine yapıştırabilirsiniz. Mendeley yararlanılan kaynakları APA, APSA, AMA gibi 16 farklı başvuru stilinde oluşturabilmekte, seçeceğiniz onlarca başka stili de kendisine indirebilmektedir.

Mendeley Word Plug-In'ini indirerek, seçili belgelere ait alıntı bilgisini Microsoft Word belgelerine aktarabilir, ayrıca metin içerisinde yaptığınız alıntılara ait "Yararlanılan Başvurular" listesini tek bir işlemle oluşturabilirsiniz.

Birlikte Çalışma
Mendeley Web sitesinde oturum açtığınızda Mendeleye yükleyerek eşleştirme yaptığınız tüm belgeleri görebilirsiniz. Invite Colleagues ile çalışma arkadaşlarınızı davet edebilirsiniz ve onlara belge paylaşımı yapabilirsiniz. Hatta aynı belge üzerinde not alma, belge üzerini çizme gibi işlemleri gerçekleştirerek ortak çalışma yapabilirsiniz.

Belirli bir çalışma alanına ait gruplar oluşturarak bu gruplara belge yükleyebilir,  diğer araştırmacıları buraya davet edebilir, ya da kendiliğinden bu gruba kayıt yaptırmalarını sağlayabilirsiniz.

Mendeley aynı zamanda bir sosyal ağ olarak da kullanılabilir. Kendinize, gruplarınıza ya da davetli arkadaşlarınızla mesaj paylaşımı yapabilirsiniz.

Belge Arama
Mendeley Web sitesinde 3 Eylül 2012 tarihinde 283,977,579 adet kullanıcı belgesi, 1,890,379 adet kayıtlı üye ve 176,077 adet araştırma grubu bulunmaktaydı. Bu belgeler, kullanıcılar ve gruplar üzerinde arama yapabilir, sizde olmayan belgeleri kendinize yükleyebilirsiniz. 

Başvuru yönetim yazılımları ile araştırma yapmanın verimliliği oldukça artmaktadır. Geleneksel olarak gerçekleştirilen ve zaman kaybına yol açan düzenleme, arama, alıntı yapma işlemleri başvuru yönetim yazılımları ile otomatikleştirilmekte ve araştırmacının içeriğe ve araştırmaya daha fazla odaklanması sağlanmaktadır.

Siteler
(1) http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software
(2) http://www.mendeley.com/

Evolution of My PLE and PLN (II)

Kişisel öğrenme ortamımda ve kişisel öğrenme ağımda meydana gelen evrimi (1) sizinle paylaşmaya devam ediyorum. 


Kişisel öğrenme ortamıma Mendeley ve Academia'ya dahil ederek kişisel öğrenme ağının oluşmasını sağlamıştım. Zamanla yazarların bir bölümünü Academia.eu yerine ya da yanısıra ResearchGate akademik ağını tercih ettiğini farkettim ve aynı anda iki sosyal ağı da kullanmaya başladım.





ResearchGate bilim insanları ve araştırmacılar için oluşturulmuş bir sosyal ağ hizmeti. Academia ağından bazı farklılıkları var. Örneğin yazarların ortak yazarlarını belirlemekte ve kaydı olmayan fakat ResearchGate ağında yayını olan yazarları da bir ölçüde tanıyabilmekte. Böylece ReseachGate'e kaydını yapmamış ama ortak yazarların yüklediği yayınlardan adının çözümlenmesiyle kendisine ait bir gölge kaydı bulunan yazarları da izleyebilmekteyim.


Bu süre zarfında keşfettiğim diğer bir faydalı araç ise online bağlantı kaydetme ve not alma hizmeti olan Diigo. Diigo uzun süredir kullandığım Delicious'un yapabilediği herşeyi yapabiliyor ve ek olarak not alma, üstünü çizme ve daha gelişmiş bir sosyal ağ oluşturma olanaklarını sunuyor. IE, Chrome,Firefox, Safari, Opera ve Flock tarayıcıları için çok kullanışlı düğmeler ve araç çubukları barındırıyor.





Kişisel öğrenme ağım kişisel öğrenme ortamları ve ilgili alanlarda çalışan yazarlardan oluşmakta olmasına rağmen ağ kısa sürede bir kaç yüz yazarı kapsamaya başladı. Her yazar için Academia, ResearchGate, SlideShare, Scribd, Twitter, Diigo'da arama yaparak, bulduğum yazarları izlemeye almaktayım. Her yeni yazarı kontrol edebileceğim ağıma ait temel bir yazar listesinin olması gerektiğini farkettim. 


Bu durumda ağın güncellenmesi ve denetimi için uygun yaklaşımların neler olabileceğini düşünmeye başladım. Çıkış noktam PLE alanında yayın yapan yazarlar olduğu için ve bu yayınları Mendeley'le yönettiğimden dolayı temel liste olarak Mendeleyin yazar listesini kullanmaya karar verdim.  


Başlangıçta Mendeley'de üç ve daha fazla yayını olan yazarları bir Excel sayfasında listeledim. Her yazarın yayınlarının temel konusuna ait bir not düşebileceğim bir sütun ekledim. Bu sütunun yanına Academia, ResearchGate, SlideShare, Scribd, Diigo ve Twitter sütunları ekledim. İlgili Web 2.0 aracında bir kaydı olan izlemeye aldığım her yazar için liste üzerinde işaret koyarak basit bir kontrol listesi oluşturdum. Böylece bir yazarın listede olup olmadığını, ya da bir sosyal ağa kayıtlı olup olmadığını topluca görebilmekteyim.


Bu işlem başarılı olunca ikiden fazla yayını olan yazarları dahil ederek listemi büyüttüm. Bir sonraki aşama PLE konusunda en az bir yayını olan yazarları da bu listeye eklemek olacaktır. Diğer taraftan akademik yayını bulunmayan ama blog sitelerinde PLE konusunda önemli yayınlar gerçekleştiren yazarlar ve sosyal ağlarda kaydı bulunan PLE ile ilgili kurum, kuruluş ve etkinliklerin de bu listeye dahil edilmesi gerekmektedir.

Her ne kadar Mendeley bu süreçte temel listeyi oluşturmakta kullanılsa da, bir yazara ait yayınların yazarın adı kullanılarak diğer ağlarda da aranması ile konuyla ilgili olan fakat gözden kaçan diğer yayınları da bulabilmek ve bu yayınları Mendeley'e yükleyebilmek mümkün olmaktadır. Mendeley'e çok yazarlı bir yayın eklendiğinde Mendeley'in yazar listesi kendiğilinden artmaktadır. Bu nedenle periyodik olarak Mendeley'deki yazar listesine yeni eklenen yazarların Excel kontrol listesinde güncellenmesi gerekmektedir. Böylece kendi kendisini besleyen ve sonuçta alanla ilgili kitaplığın kalitesinin artmasını sağlayan bir döngü oluşmaktadır.


Kişisel öğrenme ağını oluşurmak ve adım adım gelişmesini sağlamak aynı zamanda alanla ilgili bir öğrenme süreci. Yazarları ve yayınları tanımak, gruplandırmak, yorumlamak, atıfları inceleyerek yeniden değerlendirmek bilimsel araştırma için gerekli bir altyapı oluşturmakta. Belirli bir değeri olan bilimsel çalışma yapmak ve yayınlamak ancak böyle bir altyapının  üzerinde gerçekleşebilecektir.


(1) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/07/evolution-of-my-ple-and-pln.html

Evolution of My PLE and PLN

Daha önceki bir yayınımda kendime ait bir kişisel öğrenme ortamını oluşturmaya başladığımı anlatmıştım (1). Başlangıçta bir blog sitesi ve wiki sitesi oluşturmuştum. Ayrıca Delicious, Slidehare ve Scribd sitelerinde bağlantılarımı, sunularımı ve belgelerimi paylaşmaya başlamıştım. Aradan geçen yaklaşık bir ay süre boyunca kişisel öğrenme ortamımda gelişmeler oldu ve kişisel öğrenme ağı yapısına doğru evrildi. 


Haziran ayı içerisinde bilimsel kaynakları yönetmek amacıyla Zotero'yu ve Mendeley'i kullanmayı denedim ve Mendeley'de karar kıldım. Kişisel Öğrenme Ortamları ile ilgili olarak bir klasörde biriktirdiğim makaleleri Mendeley'e aktardım. Böylece bu makalelere herhangi bir bilgisayardan erişebilmeye başladım. Mendeley kendisine yüklenen bir makale dosyasının içerisinden makale adı, yazar adları, yayın tarihi ve yayınlandığı dergiyi çıkarabilmekte ve bu bilgilerle makaleyi indeksleyebilmekte. Bu bilgilere erişemediği bir yayın için Google Scholar'da arama yaparak yayının künyesini oluşturabilmekte. Seçili bir yayınla ilgili referans bilgisi Microsoft Word'e kopyalanabilmekte, Microsoft Word'e kopyalanan referans bilgilerinden "yararlanılan kaynaklar" listesi oluşturabilmekte. Kısacası Mendeley'i kullanmaya başladıktan sonra araştırma verimliliğinde önemli bir artış yaşanmakta ve Mendeley'siz bilimsel çalışma yapmak sıkıntılı bir işe dönüşmekte.

Mendeley'e kişisel öğrenme ortamlarıyla ilgili elimdeki bütün makale, bildiri ve yazıları yükledim. Bu yayınları tarih sırasına göre elden geçirerek her yayının referans listesini taradım. Böylece alanla ilgili referans verilmiş neredeyse tüm yayınları belirleyerek (400'den fazla), bu yayınlara erişmiş ve Mendeley'e yüklemiş oldum.  Elde ettiğim bilgileri başkalarıyla paylaşmak amacıyla kişisel öğrenme ortamlarına ait 2001-2006 kaynakçasını hazırlayarak bir wiki sayfasında yayınladım. 


Yayınları elden geçirirken kişisel öğrenme ortamlarıyla ilgili olarak yazmayı planladığım bildirilerde (2) kullanmak amacıyla önerilen çerçevelerle, kullanılan araçlarla ve geliştirilen ürünlerle ilgili bilgileri derlemeye başladım. Bu bilgilerin üzerinde bir süre çalıştıktan sonra elde ettiğim ilk sonuçları bu blogda yayınlayacağım.


Mendeley'de grup oluşturarak ya da varolan gruplara üye olarak başkalarıyla ortak çalışma yapmak mümkün. PLEs, Personal Learning Environments ve Personal Learning Environments/Mashups for Learning gruplarına üye oldum.


Bu arada yayınları tararken kişisel öğrenme ortamları konusunu kapsayan başlıca projeleri ve Avrupa Birliği projelerini derlemeye çalıştım ve ilk listeyi yayınladım (3). Alana ait bildirileri eksiksiz tarayabilmek amacıyla kişisel öğrenme ortamlarına ait bildirilere yer veren konferans ve çalıştayları saptayarak (4) programlarını gözden geçirdim.


Kişisel öğrenme ortamları bildiri ve makalelerin yanısıra önemli ölçüde bu alanda çalışan yazarların blog sitelerinde de tartışılmaktadır. Bu nedenle blog sitelerine referans verilen yazarların bloglarına üye olmaya başladım. Oluşturduğum blog roll'u hem kendi blog sayfamda listeliyorum, hem de Google Reader ile daha detaylı bir tarama/okuma gerçekleştiriyorum. Böylece kendime ait bir kişisel öğrenme ağı oluşturmaya başlamış oldum.


Facebook, Google+ ve LinkedIn gibi sosyal ağ sitelerine üye olmama ve bu ağlarda alana ait başlıca kişi ve grupları izlememe rağmen akademik dünyada Academia.edu daha etkili olmakta ve sadece akademik amaçlara yönelik kullanılmakta. Bu nedenle bir yıldan uzun süredir üyeliğim olan fakat aktif olarak kullanmadığım Academia.edu. sitesine ağırlık vererek profilimi geliştirdim ve başlıca yayınlarımı yükledim. 


Mendeley kendisine yüklenen bütün yayınları yazarlarına göre indekslediği için, bir yazarı seçerek, o yazara ait tüm yayınları listelemek mümkün. Kendime ait bir kişisel öğrenme ağını geliştirmek amacıyla bu listelerden yararlandım. Bu olanağı kullanarak ilk aşamada  Mendeley'deki kayıtlara göre üçten fazla yayını olan yazarları belirledim. Bu yazarların Academia.edu sitesinde kayıtlarının olup olmadığına baktım ve Academia.edu'da kaydı olan yazarları izlemeye başladım. Bu faaliyetim etkisini hemen gösterdi ve yazarların bir bölümü de beni izlemeye başladı.

Kişisel öğrenme ortamları alanında çalışan yazarların çoğunun kendisine ait blog sitesi bulunmakta. Academia.edu'da izlemeye aldığım yazarların da blog sitelerini belirleyerek (5) izlemeye başladım. Böylece bu yazarların yapmakta olduğu çalışmalar ve bu çalışmalara ait taslaklar hakkında bilgi sahibi olmaya başladım.


Bu arada akademik yayınlarıma internet üzerinden erişilebilirliği artırmak ve çalışmalarımı başkalarıyla paylaşabilmek amacıyla Google Scholar (6) ve Microsoft Academic Search (7) sitelerinde bana ait olan bilgileri geliştirmeye çalıştım.


Böylece Blogger, Wikispaces, Mendeley ve Academia.edu ile kendime bir kişisel öğrenme ağı oluşturmuş oldum ve alana ait akademik ağın içerisine dahil olabildim. Üzerinde çalıştığım yayınları tamamladıktan sonra bu ağın içerisinde daha etkili bir üye olacağımı umut ediyorum.








(1) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/06/kisisel-ogrenme-ortamlarna-giris.html
(2) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/06/akademik-calsmalar.html
(3) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/06/kisisel-ogrenme-ortamlar-projeleri.html
(4) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/06/kisisel-ogrenme-ortamlar-etkinlikleri.html
(5) http://kisiselogrenmeortamlari.blogspot.com/2012/07/ple-blogs.html
(6) http://scholar.google.com.tr/citations?user=PxwhWQcAAAAJ&hl
(7) http://academic.research.microsoft.com/Author/6867112/mehmet-emin-mutlu